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而第二篇論文中國醫藥大學 生物醫學研究所博士班 林振文所指導 張勇昇的 以反向基因工程探討嚴重急性呼吸道症侯群冠狀病毒第一與二型之分子致病機制：分析NLRP3/CXCL10介導發炎反應及高關注變異株感染力 （2021），提出因為有 嚴重急性呼吸道症狀病毒第一型及第二型、重急性呼吸道症狀病毒獨特結構域、肺部發炎、病毒樣顆粒、單次感染性顆粒的重點而找出了 感染infection的解答。
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探討RNA解螺旋酶DDX3對肝癌細胞代謝途徑之影響
為了解決感染infection 的問題，作者王思涵 這樣論述：
本研究欲探討DDX3在不同肝癌細胞株中表現量低下時，對糖解作用、氧化磷酸化及脂肪酸氧化代謝途徑的影響。為了解DDX3表現量的改變與代謝間的相關性，選用個人化海馬生物能量測定儀來測量細胞間能量代謝的變化。結果指出DDX3表現量降低時，細胞偏好使用氧化磷酸化途徑來產生能量，但對糖解作用並沒有差異。除了研究氧化磷酸化及糖解作用與DDX3之間的關聯外，本研究也探討了脂肪酸氧化作用，發現DDX3表現量降低時，細胞會增加對外源性脂肪酸的利用。本論文進一步研究當DDX3表現量低下時，是否透過調控脂肪酸氧化作用中的相關基因導致能量代謝途徑的改變。從即時定量聚合酶連鎖反應得知，DDX3可能藉由調控PPARGC
1B基因及ANGPTL4基因，來改變脂肪酸氧化作用的能量代謝。最後本研究欲了解DDX3對肝癌幹細胞的生成與代謝重編程的相關性，於是對DDX3表現量低下的細胞處理代謝抑制劑，進行非黏連球體能力實驗、抗癌藥物處理細胞存活率評估、及細胞移動能力等試驗。結果顯示DDX3表現量下降時，肝癌細胞產生腫瘤幹細胞特性與代謝重新編程有高度相關，進一步解釋了DDX3於肝癌扮演抑癌因子的角色、同時可作為發展新型肝癌治療策略的參考。
以反向基因工程探討嚴重急性呼吸道症侯群冠狀病毒第一與二型之分子致病機制：分析NLRP3/CXCL10介導發炎反應及高關注變異株感染力
為了解決感染infection 的問題，作者張勇昇 這樣論述：
致謝 I中文摘要 IIABSTRACT IV目錄 VI圖表目錄 XI第一章、 文獻探討 1第一節、 緒論 1第二節、 冠狀病毒屬（Coronavirus genus） 21. 甲型–冠狀病毒（Alpha-coronavirus, α-CoV） 22. 乙型–冠狀病毒（Beta-coronavirus, β-CoV） 33. 丙型–冠狀病毒（Gamma-coronavirus, γ-CoV） 34. 丁型–冠狀病毒（Delta-coronavirus, δ-CoV） 3第三節、 人類冠狀病毒的流行病學（Epidemiology of human coro
navirus） 41. 嚴重急性呼吸道綜合症冠狀病毒–一型（Severe acute respiratory syndrome coronavirus-1, SARS-CoV-1） 42. 中東呼吸道綜合症冠狀病毒（Middle East respiratory syndrome coronavirus, MERS-CoV）…………………………………………………………………………………………………….. 53. 嚴重急性呼吸道綜合症冠狀病毒–二型（Severe acute respiratory syndrome coronavirus-2, SARS-CoV-2） 63.1.
SARS-CoV-2高度關注變異株（Variants of Concern,VOCs） 6第四節、 人類冠狀病毒的傳播（Transmission of human coronavirus） 8第五節、 SARS-CoV-1與2的結構與基因組 （Structure and genome of SARS-CoV-1 and 2）…………………………………………………………………………………………… 91. 結構（Structure） 92. 基因組（Genome） 93. SARS-CoV-1與SARS-CoV-2基因組的差異（Sequence identity of SA
RS-CoV-1 and 2）……………………………………………………………………………………………………….. 104. 非結構性蛋白（Non-structural proteins） 103.1. 非結構性蛋白3（Non-structural proteins 3） 113.2. 類木瓜蛋白酶（Papain-like protease） 113.3. 嚴重急性呼吸道病毒–一型獨特蛋白結構域（SARS-CoV-1 unique domain） 123.4. 3–凝乳蛋白樣酶（3-chymotrypsin-like protease） 133.5. RNA依賴性RNA聚
合酶（RNA-dependent RNA polymerase） 134. 結構蛋白（Structural proteins） 144.1. 刺突蛋白（Spike protein） 144.2. 套膜蛋白（Envelope protein） 154.3. 膜蛋白（Membrane protein） 154.4. 核殼蛋白（Nucleocapsid protein） 155. 輔助蛋白 (Accessory proteins) 16第六節、 SARS-CoV-1與2的感染及複製機制（Infection and life cycle of SARS-CoV-1 and
2）……………………………………………………………………………………….. 161. SARS-CoV-1的感染（Infection of SARS-CoV-1） 162. SARS-CoV-2的感染（Infection of SARS-CoV-2） 173. SARS-CoV-1與2的複製機制（Replication of SARS-CoV-1 and 2） 18第七節、 嚴重急性呼吸道症候群與嚴重特殊傳染性肺炎-2019的臨床症狀（Clinical features of SARS and COVID-19） 181. 嚴重急性呼吸道症候群的臨床特徵 （Clinical
features of SARS） 182. 嚴重特殊傳染性肺炎-2019的臨床特徵 （Clinical features of COVID-19） 19第八節、 免疫反應（Immune response） 201. 細胞激素風暴 （Cyokine strom） 202. 類鐸受體（Toll-like receptors） 212. RIG樣受體（RIG-I-Like receptors） 223. NOD樣受體（Nucleotide oligomerization domain-like receptors） 224. NLRP3發炎小體（NLRP3 infla
mmasome） 235. 細胞激素（Cytokines） 245.1. 介白素-1β（Interleukin-1β） 245.2. 介白素-6 （Interleukin-6） 255.3. 趨化激素CXC motif chemokine 10 255.4. 乙型-轉型生長因子（Transforming growth factor-beta） 26第九節、 嚴重急性呼吸道症候群病毒第二型的預防與治療（Prevention and treatment of SARS-CoV-2） 271. 疫苗（Vaccines） 272. 藥物（Drugs） 28第十節、
病毒樣顆粒（Virus-like particle, VLP） 29第十一節、 病毒複製子（viral replicon） 30第十二節、 單次感染性顆粒（Single round infectious particle） 31第二章、 研究動機、目的及實驗設計 33第一節、 探討嚴重急性呼吸道症侯群冠狀病毒的獨特結構域誘導NLRP3在CXCL10介導肺部發炎的依賴性（SARS Unique Domain (SUD) of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Induces NLRP3 Inflammasome-Depen
dent CXCL10-Mediated Pulmonary Inflammation） 331. 研究動機（Motive） 332. 研究目的 （Aim） 343. 實驗設計 （Experimental design） 353.1. 探討SARS-CoV-1 SUD誘導細胞發炎反應（Investigation of inflammatory response induced by SARS-CoV-1 SUD） 353.2. 探討SARS-CoV-1 SUD誘導小鼠肺發炎反應（Investigation of pneumonia induced by SARS-CoV-1
SUD in mice） 35第二節、 SARS-CoV-2病毒樣顆粒與單次感染性病毒顆粒製備及其誘導肺發炎（Induction of pulmonary inflammation by SARS-CoV-2 Virus-like particle and Single round infectious particle） 361. 研究動機（Motive） 362. 研究目的（Aim） 373. 實驗設計（Experimental design） 383.1. SARS-CoV-2單次感染性顆粒製備（Preparation of SARS-CoV-2 SRIP） 38
3.2. 評估SARS-CoV-1 and 2單次感染性顆粒誘導肺部致病機制（Assessing the pathogenesis of SARS-CoV-2 SRIP） 383.3. 分析SOmiEM/CoV-2 SRIP在中和試驗之敏感性（Analyzing sensitivity of SOmiEM/CoV-2 SRIP for neutralization assay） 39第三章、 實驗材料與方法（METERIAL AND METHOD） 40第一節、 實驗材料（Meterial） 40第二節、 實驗方法（一）：探討嚴重急性呼吸道症侯群冠狀病毒的獨特結構域誘導NLR
P3在CXCL10介導肺部發炎的依賴性（SARS Unique Domain (SUD) of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Induces NLRP3 Inflammasome-Dependent CXCL10-Mediated Pulmonary Inflammation） 481. 細胞株 (Cell strain) 482. SARS-CoV-1 SUD與子結構域質體的構築（Construction of SARS-CoV-1 SUD and sub-domain plasmid） 483. 聚合酶連鎖反應（Po
lymerase chain reaction, PCR） 494. 聚合酶連鎖反應產物純化（PCR products purification） 495. 限制酶酵素反應（Restriction enzyme digestion） 506. DNA接合（DNA ligation） 507. 質體轉型（Plasmid transformation） 508. 菌落篩選（Colony screening） 519. CXCL10報導基因質體（CXCL10 repoter plasmids） 5110. 質體純化（Plasmid purification） 5111.
SARS-CoV-1複製子萃取（SARS-CoV-1 repicon extraction） 5212. 短暫轉染（Transient transfection） 5313. 建立SUD穩定表達細胞株（Establishment of SUD expressing cell line） 5314. 萃取細胞內與肺臟組織總核醣核酸（Extraction of cell and lung tissues total RNA） 5315. 即時定量聚合酶連鎖反應（Quantitative real time polymerase chain reaction, q-PCR）………
…………………………………………………………………………………………… 5416. 雙冷光素酶報導基因檢測（Dual-Luciferase Reporter Assay） 5517. 免疫螢光染色（Immunofluorescence staining） 5518. 間接-酵素連結免疫吸附分析法（indirect enzyme-linked immunosorbent assay） 5619. 西方墨點法（Western blot）與斑點印跡法 （dot-blot） 5620. 小鼠動物模型（Animal model） 5721. 流式細胞儀分析（Flow cytome
try assay） 5822. 組織病理學與免疫組織化學染色分析（Histopathology and immunohistochemistry assays）…………………………………………………………………………………………………. 5823. NLRP3抑制劑處理（NLRP3 inhibitor treatment） 5924. 統計分析（Statistical analysis） 59第三節、 實驗方法二：SARS-CoV-2病毒樣顆粒與單次感染性病毒顆粒製備及其誘導肺發炎（Induction of pulmonary inflammation by SARS-CoV
-2 Virus-like particle and Single round infectious particle） 601. 細胞株 (Cell lines) 602. SARS-CoV-2 SWH1EM與SOmiEM質體的構築（Construction of SARS-CoV-2 SWH1EM and SOmiEM plasmid） 603. SARS-CoV-2病毒樣顆粒的生產與濃縮（Production and concentration of SARS-CoV-2 VLP）…………………………………………………………………………………………………… 614. 反轉
錄-即時定量聚合酶連鎖反應（Reverse transcription-Quantitative real time polymerase chain reaction, RT-qPCR） 625. 西方墨點法（Western blot） 636. 穿透式電子顯微鏡 （Transmission electron microscope, TEM） 647. 單次感染性感染顆粒的生產（Production of single round infectious particle） 648. 冷光酶分析（Luciferase assay） 649. SARS-CoV-1與2單次感染
性感染顆粒的感染（Infection of SARS-CoV-1 and 2 SRIP）…………………………………………………………………………………………………... 6510. Remdesivir與GC376抑制SRIP活性試驗（Inhibition of SARS-CoV-2 SRIP by Remdesivir and GC376） 6511. 疫苗免疫血清分析SWH1EM與SOmiEM VLP之抗原性 （Antigenicity of SARS-CoV-2 VLP by immunized serum） 6612. SOmiEM/CoV-2 SRIP之疫苗免疫血清中和能
力（Neutralization of SARS-CoV-2 SRIP by immunized serum） 6613. 免疫螢光染色（Immunofluorescence staining） 66第四章、 結果 (RESULTS) 68第一節、 結果一（Result 1）：探討嚴重急性呼吸道症侯群冠狀病毒的獨特結構域誘導NLRP3在CXCL10介導肺部發炎的依賴性（SARS Unique Domain (SUD) of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Induces NLRP3 Inflammasome-Depende
nt CXCL10-Mediated Pulmonary Inflammation） 681. SARS-CoV-1-SUD誘導人肺上皮細胞中趨化激素的表達 681.1. 建立SARS-CoV-1 SUD質體與人肺上皮細胞中的表達 681.2. SUD-MC子結構域上調人肺上皮細胞中CXCL10的表達 691.3. SUD-MC子結構域活化AP1介導的CXCL10表達機制 702. SARS-CoV-1 SUD誘導小鼠模型肺部發炎 712.1. 透過氣管滴入SUD質體誘導小鼠肺部發炎反應 712.2. SUD-MC誘導小鼠肺部細胞激素與趨化激素之表現 732.3.
SUD-MC活化NLRP3發炎體介導CXCL10在肺發炎的表現 74第二節、 結果二（Result 2）：SARS-CoV-2病毒樣顆粒與單次感染性病毒顆粒製備及其誘導肺發炎（Mechanism of pulmonary inflammation in SARS-CoV-2 Virus-like particle and Single round infectious particle） 761. 構築SARS-CoV-2 S-E-M表達質體 762. 製造SARS-CoV-1與2單次感染性顆粒 773. SARS-CoV-1與2的單次感染性顆粒之感染力 784. 評估
SWH1EM/CoV-2 rep SRIP發展抗病毒藥物篩選平台之敏感性 795. 分析SWH1EM/CoV-1 rep SRIP與SWH1EM/CoV-2 rep SRIP誘導人類肺細胞（calu-3）發炎……………………………………………………………………………………………………… 806. 篩選抗SWH1EM/CoV-1 rep SRIP與SWH1EM/CoV-2 rep SRIP之潛力藥物 817. 評估疫苗免疫血清對SOmiEM/CoV-2 rep SRIP的中和能力 82第五章、 討論（Discussion） 84第一節、 討論一（Discussion 1）：探
討嚴重急性呼吸道症侯群冠狀病毒-1的獨特結構域誘導NLRP3在CXCL10介導肺部發炎的依賴性（SARS Unique Domain (SUD) of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Induces NLRP3 Inflammasome-Dependent CXCL10-Mediated Pulmonary Inflammation） 84第二節、 討論二（Discussion 1）：SARS-CoV-2病毒樣顆粒與單次感染性病毒顆粒製備及其誘導肺發炎（Induction of pulmonary inflammation by
SARS-CoV-2 Virus-like particle and Single round infectious particle） 87第六章、 結論與未來展望（CONCLUSION AND FUTURE PROSPECTS） 90第一節、 結論（Conclusion） 901. 結論一（Conclusion 1）：探討嚴重急性呼吸道症侯群冠狀病毒的獨特結構域誘導NLRP3在CXCL10介導肺部發炎的依賴性（SARS Unique Domain (SUD) of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Induces NLR
P3 Inflammasome-Dependent CXCL10-Mediated Pulmonary Inflammation） 902. 結論二（Conclusion 2）：SARS-CoV-2病毒樣顆粒與單次感染性病毒顆粒製備及其誘導肺發炎（Mechanism of pulmonary inflammation in SARS-CoV-2 Virus-like particle and Single round infectious particles） 91第二節、 未來展望（ Future prospects） 91